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[人工智能] 免疫算法解子集和问题

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发表于 2007-7-3 22:07 | 显示全部楼层 |阅读模式

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x
  1. %这是免疫算法用于计算子集和的主程序。
  2. %免疫算法是遗传算法的变体,一般说来它不用杂交,而是采用注入疫苗的方法。
  3. %疫苗是优秀染色体中的一段基因,把疫苗接种到其它染色体中
  4. %但对于本程序还需要杂交。

  5. %子集和问题:
  6. %设有正整数集合S,正整数t,从S中找到一个子集S',使
  7. %min
  8. t-(s'1+s'2+...s'm)
  9. % s.t. t-(s'1+s'2+...s'm)>=0

  10. %主程序运行过程
  11. %1
  12. 初始化
  13. %2 随机生成初始可能解:染色体
  14. %3 判定染色是不是解,如果是解,给出结果,结束程序
  15. %4 选择最好解对应的最优染色体
  16. %5
  17. 把保留的最好的染色体holdBestChromosome加入到染色体群中
  18. %6 评价可能解,即评价染色体
  19. %7 给染色体赋概率
  20. %8
  21. 染色体杂交,产生子代染色体
  22. %9 从最好的染色体上截取基因片断做疫苗,注射到其它子代染色体中
  23. %10 染色体变异:对子代染色修改
  24. %11
  25. 到3




  26. %这是免疫算法的主程序,它需要调用的函数如下。
  27. %接种疫苗函数:
  28. %function
  29. inoculateChromosome=immunity(chromosomeGroup,bacterinChromosome,parameter)
  30. %parameter:1,随机选取染色体接种。2,每个染色体都接种。3,每个染色体都接种,但接种的位置是随机的
  31. %这个函数实现对染色体的疫苗接种
  32. %计算误差函数
  33. %chromosomeError=subsetError(chromosomeGroup,S,t)
  34. %选择最优染色体函数:
  35. %[bestChromosome,leastFunctionError]=best_worstChromosome(fatherChromosomeGroup,functionError);
  36. %误差比较函数:从两个染色体中,选出误差较小的染色体
  37. %[holdBestChromosome,holdLeastFunctionError]...
  38. %
  39. =compareBestChromosome(holdBestChromosome,holdLeastFunctionError,...
  40. %
  41. bestChromosome,leastFuntionError)
  42. %为染色体定义概率函数,好的染色体概率高,坏染色体概率低
  43. %p=chromosomeProbability(functionError);
  44. %按概率选择染色体函数:
  45. %slecteChromosomeGroup=selecteChromome(fatherChromosomeGroup,p);
  46. %父代染色体杂交产生子代染色体函数
  47. %sonChrmosomeGroup=crossChromosome(slecteChromosomeGroup,2);
  48. %变异函数
  49. %fatherChromosomeGroup=varianceCh(sonChromosomeGroup,0.8,solutionN);
  50. %通过实验有如下结果:
  51. %1。染色体应当多一些
  52. %2。通过概率选择染色体,在迭代早期会有效选出优秀的染色体,使解的误差迅速降低,
  53. %但随着迭代的进行,概率选择也会导致某种染色体在基因池中迅速增加,使染色体趋同,
  54. %这就减少了物种的多样性,反而难以逼近解
  55. %3。不用概率选择,仅采用染色体杂交,采用保留优秀染色体,也可以得到解
  56. %4。单纯免疫效果不好,杂交+免疫效果比较好

  57. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%程序开始运行

  58. clear,clc;%清理内存,清屏
  59. circleN=500;%迭代次数
  60. format
  61. long
  62. %%%%%%%%%%%%%%%%1:程序初始化
  63. chromosomeGroupN=50;%染色体的个数
  64. subsetSum=30;%集合S中的整数个数
  65. %随机产生正整数集S,正整数t
  66. [S,t]=subset(subsetSum)
  67. presision=10;
  68. %%%%%%%%%%%%%%%2:随机生成初始可能解:染色体
  69. %随机产生一组染色体
  70. fatherChromosomeGroup=round(rand(chromosomeGroupN,subsetSum));
  71. holdLeastChromosomeError=Inf;%可能解的最小误差的初值
  72. holdBestChromosome=0;%对应最小误差的染色体的初值

  73. %%%%%%%%%%%%%%%%%%开始计算
  74. compute=1;
  75. circle=0;
  76. while
  77. compute%开始迭代求解
  78. %%%%%%%%%%%%%%%%%%3: 判定染色是不是解,如果是解,给出结果,结束程序

  79. chromosomeError=subsetError(fatherChromosomeGroup,S,t);%计算染色体与t的误差
  80. [solution,minError,isTrue]...
  81. =isSolutionSubsetSum(fatherChromosomeGroup,chromosomeError,presision);
  82. %isSolutionSubsetSum函数根据误差functionError判定方程是否已经解开,isTrue=1,方程得解。solution是方程的解
  83. if
  84. isTrue==1
  85. '子集和问题得解'
  86. solution
  87. minError
  88. return%结束程序
  89. end
  90. %%%%%%%%%%%%%4:选择最好解对应的最优染色体
  91. [bestChromosome,leastChromosomeError]=best_worstChromosome(fatherChromosomeGroup,chromosomeError);
  92. %%%%%%%%%%%%%5:保留每次迭代产生的最好的染色体
  93. %本次最好解与上次最好解进行比较,如果上次最好解优于本次最好解,保留上次最好解;
  94. %反之,保留本次最好解。保留的最好染色体放在holdBestChromosome中
  95. [holdBestChromosome,holdLeastChromosomeError]...
  96. =compareBestChromosome(holdBestChromosome,holdLeastChromosomeError,...
  97. bestChromosome,leastChromosomeError);
  98. circle=circle+1
  99. holdLeastChromosomeError%显示每一次循环的染色体最小误差
  100. if
  101. circle>circleN
  102. return
  103. end
  104. %%%%%%%%%%%%%%5:把保留的最好的染色体holdBestChromosome加入到染色体群中
  105. order=round(rand(1)*chromosomeGroupN);
  106. if
  107. order==0
  108. order=1;
  109. end
  110. fatherChromosomeGroup(order,:)=holdBestChromosome;
  111. chromosomeError(order)=holdLeastChromosomeError;

  112. %%%%%%%%%%%%%%%6:为每一条染色体(即可能解的序号)定义一个概率(关键步骤)
  113. %%%%%%%%%%%%%%%好的染色体概率高,坏的概率低。依据误差functionError计算概率
  114. [p,trueP]=chromosomeProbability(chromosomeError);
  115. if
  116. trueP
  117. =='Fail'
  118. '可能解严重不适应方程,请重新开始'
  119. return%结束程序
  120. end
  121. %%%%%%%%%%%%%%%7:按照概率筛选染色体(关键步骤)
  122. %从父染体中选择优秀染色体
  123. selecteChromosomeGroup=selecteChromosome(fatherChromosomeGroup,p);
  124. %%%%%%%%%%%%%%%8:染色体杂交(关键步骤)
  125. %sle=bin2dec(selecteChromosomeGroup)%显示选择出来的解的序号(染色体)
  126. %用概率筛选出的染色体selecteChromosomeGroup进行杂交,产生子代染色体
  127. sonChromosomeGroup=crossChromosome(selecteChromosomeGroup,2);
  128. %不用概率筛选出的染色体selecteChromosomeGroup进行杂交,而直接用上一代(父代)的
  129. %sonChromosomeGroup=crossChromosome(fatherChromosomeGroup,2);
  130. %sonChromosomeGroup=immunity(fatherChromosomeGroup,holdBestChromosome,3);
  131. %把疫苗接种到其它染色体中
  132. sonChromosomeGroup=immunity(sonChromosomeGroup,holdBestChromosome,3);
  133. %cro=bin2dec(sonChromosomeGroup)%显示杂交后的子代染色体

  134. %%%%%%%%%%%%%%%9:变异
  135. %不杂交直接变异
  136. %fatherChromosomeGroup=varianceCh(fatherChromosomeGroup,0.1,solutionN);
  137. %杂交后变异
  138. fatherChromosomeGroup=varianceCh(sonChromosomeGroup,0.5);
  139. end
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 楼主| 发表于 2007-7-3 22:07 | 显示全部楼层
函数(1):接种疫苗函数:
  1. %function
  2. inoculateChromosome=immunity(chromosomeGroup,bacterinChromosome,parameter)
  3. %parameter:1,随机选取染色体接种。2,每个染色体都接种。3,每个染色体都接种,但接种的位置是随机的
  4. %这个函数实现对染色体的疫苗接种
  5. %chromosomeGroup:染色体组
  6. %bachterinChromosome:疫苗染色体,即最好的染色体。从这个染色体上取疫苗
  7. %parameter:接种疫苗的参数,即用什么方法接种
  8. %inoculateChromosome:接种疫苗后的染色体
  9. function
  10. inoculateChromosome=immunity(chromosomeGroup,bacterinChromosome,parameter)
  11. [chromosomeGroupSum,chromosomeLength]=size(chromosomeGroup);
  12. [row,bacterinChromosomeLength]=size(bacterinChromosome);
  13. %chromosomeGroupSum:染色体的条数;chromosomeLength:染色体的长度
  14. switch
  15. parameter
  16. case 1%随机选择染色体进行接种
  17. for
  18. i=1:chromosomeGroupSum
  19. %%%%%%%%%%%%从疫苗染色体上定位疫苗
  20. headDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  21. %疫苗在染色体上左边的点位
  22. if
  23. headDot==0%防止出现0点位
  24. headDot=1;
  25. end
  26. tailDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  27. %疫苗在染色体上右边的点位
  28. if
  29. tailDot==0%防止出现0点位
  30. tailDot=1;
  31. end
  32. if
  33. tailDot>headDot%防止右边的点位大于左边的点位
  34. dot=headDot;
  35. headDot=tailDot;
  36. tailDot=dot;
  37. end
  38. %%%%%%%%%%%%%接种
  39. randChromosomeSequence=round(rand(1)*chromosomeGroupSum);
  40. %随机产生1条染色体的序号,对这条染色体进行接种
  41. if
  42. randChromosomeSequence==0%防止产生0序号
  43. randChromosomeSequence=1;
  44. end
  45. inoculateChromosome(i,:)...%先把输入染色体传给输出
  46. =chromosomeGroup(randChromosomeSequence,:);
  47. %执行免疫,即从疫苗染色体上取出一段基因做疫苗,再注入到其它染色体中
  48. inoculateChromosome(i,headDot:tailDot)...
  49. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  50. end
  51. case
  52. 2 %所有染色体挨个接种
  53. for
  54. i=1:chromosomeGroupSum
  55. %%%%%%%%%%%%从疫苗染色体上定位疫苗
  56. headDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  57. %疫苗在染色体上左边的点位
  58. if
  59. headDot==0%防止出现0点位
  60. headDot=1;
  61. end
  62. tailDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  63. %疫苗在染色体上右边的点位
  64. if
  65. tailDot==0%防止出现0点位
  66. tailDot=1;
  67. end
  68. if
  69. tailDot>headDot%防止右边的点位大于左边的点位
  70. dot=headDot;
  71. headDot=tailDot;
  72. tailDot=dot;
  73. end
  74. %%%%%%%%%%%%%接种
  75. inoculateChromosome(i,:)=chromosomeGroup(i,:);%先把输入染色体传给输出
  76. %执行免疫,即从疫苗染色体上取出一段基因做疫苗,再注入到其它染色体中
  77. inoculateChromosome(i,headDot:tailDot)...
  78. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  79. end
  80. case
  81. 3 %接种位置是随机的
  82. for
  83. i=1:chromosomeGroupSum
  84. %%%%%%%%%%%%从疫苗染色体上定位疫苗
  85. headDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  86. %疫苗在染色体上左边的点位
  87. if
  88. headDot==0%防止出现0点位
  89. headDot=1;
  90. end
  91. tailDot=fix(rand(1)*bacterinChromosomeLength);
  92. %疫苗在染色体上右边的点位
  93. if
  94. tailDot==0%防止出现0点位
  95. tailDot=1;
  96. end
  97. if
  98. tailDot>headDot%防止右边的点位大于左边的点位
  99. dot=headDot;
  100. headDot=tailDot;
  101. tailDot=dot;
  102. end
  103. %%%%%%%%%%%%%在染色体上随机定位接种位置
  104. inoculateDot=fix(rand(1)*chromosomeLength);%随机选择染色体的接种点位
  105. if
  106. inoculateDot==0
  107. inoculateDot=1;
  108. inoculateChromosome(i,:)=chromosomeGroup(i,:);
  109. inoculateChromosome(i,inoculateDot:tailDot-headDot+1)...
  110. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  111. elseif
  112. inoculateDot<=headDot
  113. inoculateChromosome(i,:)=chromosomeGroup(i,:);
  114. inoculateChromosome(i,inoculateDot:inoculateDot+tailDot-headDot)...
  115. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  116. elseif
  117. (chromosomeLength-inoculateDot)>=(tailDot-headDot)
  118. inoculateChromosome(i,:)=chromosomeGroup(i,:);
  119. inoculateChromosome(i,inoculateDot:inoculateDot+tailDot-headDot)...
  120. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  121. else
  122. inoculateChromosome(i,:)=chromosomeGroup(i,:);
  123. inoculateChromosome(i,headDot:tailDot)...
  124. =bacterinChromosome(1,headDot:tailDot);
  125. end
  126. end
  127. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:07 | 显示全部楼层
函数(2):计算误差函数
  1. %chromosomeError=subsetError(chromosomeGroup,S,t)
  2. %计算染色体与t的差
  3. %染色体是1-0串,
  4. %1表示1所在位置的子集元素参与计算,
  5. %0表示0所在位置的子集元素不参与计算,
  6. function
  7. chromosomeError=subsetError(chromosomeGroup,S,t)
  8. [chromosomeGroupSum,geneSum]=size(chromosomeGroup);%返回染色体的个数
  9. for
  10. i=1:chromosomeGroupSum
  11. ge=0;
  12. for
  13. j=1:geneSum
  14. ge=ge+chromosomeGroup(i,j)*S(j);
  15. end
  16. if
  17. t-ge>=0
  18. chromosomeError(i,1)=t-ge;
  19. else
  20. chromosomeError(i,1)=Inf;
  21. end
  22. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:08 | 显示全部楼层
函数(3):选择最优染色体函数:
  1. %[bestChromosome,leastFunctionError]=best_worstChromosome(fatherChromosomeGroup,functionError);
  2. %找出最小误差所对应的最好染色体,最大误差所对应的最坏染色体
  3. function
  4. [bestChromosome,leastFunctionError]=best_worstChromosome(chromosomeGroup,functionError)
  5. [leastFunctionError
  6. minErrorOrder]=min(functionError);
  7. %[maxFunctionError
  8. maxErrorOrder]=max(functionError);
  9. bestChromosome=chromosomeGroup(minErrorOrder,:);
  10. %worstChromosome=chromosomeGroup(maxErrorOrder,:);
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:08 | 显示全部楼层
函数(4):误差比较函数:从两个染色体中,选出误差较小的染色体
  1. %[holdBestChromosome,holdLeastFunctionError]...
  2. %
  3. =compareBestChromosome(holdBestChromosome,holdLeastFunctionError,...
  4. %
  5. bestChromosome,leastFuntionError)
  6. %选择最好的基因保留下来
  7. function
  8. [newBestChromosome,newLeastFunctionError]...
  9. =compareBestChromosome(oldBestChromosome,oldLeastFunctionError,...
  10. bestChromosome,leastFunctionError)
  11. if
  12. oldLeastFunctionError>leastFunctionError
  13. newLeastFunctionError=leastFunctionError;
  14. newBestChromosome=bestChromosome;
  15. else
  16. newLeastFunctionError=oldLeastFunctionError;
  17. newBestChromosome=oldBestChromosome;
  18. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:09 | 显示全部楼层
函数(5):为染色体定义概率函数,好的染色体概率高,坏染色体概率低

  1. %p=chromosomeProbability(functionError);
  2. %根据待解的非线性函数的误差计算染色体的概率
  3. function
  4. [p,isP]=chromosomeProbability(x_Error)
  5. InfN=sum(isinf(x_Error));%估计非线性方程计算的结果
  6. NaNN=sum(isnan(x_Error));
  7. if
  8. NaNN>0
  9. isP='Fail';
  10. p=0;
  11. return
  12. else
  13. isP='True';
  14. errorReciprocal=1./x_Error;
  15. sumReciprocal=sum(errorReciprocal);
  16. p=errorReciprocal/sumReciprocal;%p:可能解所对应的染色体的概率
  17. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:09 | 显示全部楼层
函数(6):按概率选择染色体函数:
  1. %slecteChromosomeGroup=selecteChromome(fatherChromosomeGroup,p);
  2. function
  3. chromosome=selecteChromosome(chromosomeGroup,p)
  4. cumuP=cumsum(p);%累积概率,也就是把每个染色体的概率映射到0~1的区间
  5. [chromosomeSum,chromosomeLength]=size(chromosomeGroup);
  6. for
  7. i=1:chromosomeSum%这个循环产生概率值
  8. rN=rand(1);
  9. if
  10. rN==1
  11. chromosome(i,:)=chromosomeGroup(chromosomeSum,:);
  12. elseif (0<=rN)
  13. &&
  14. (rN<cumuP(1))
  15. chromosome(i,:)=chromosomeGroup(1,:);%第1条染色体被选中
  16. else
  17. for
  18. j=2:chromosomeSum%这个循环确定第1条以后的哪一条染色体被选中
  19. if (cumuP(j-1)<=rN) &&
  20. (rN<cumuP(j))
  21. chromosome(i,:)=chromosomeGroup(j,:);
  22. break
  23. end
  24. end
  25. end
  26. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:10 | 显示全部楼层
函数(7):父代染色体杂交产生子代染色体函数
  1. %sonChrmosomeGroup=crossChromosome(slecteChromosomeGroup,2);
  2. function
  3. sonChromosome=crossChromosome(fatherChromosome,parameter)
  4. [chromosomeSum,chromosomeLength]=size(fatherChromosome);
  5. %chromosomeSum:染色体的条数;chromosomeLength:染色体的长度
  6. switch
  7. parameter
  8. case 1%随机选择父染色体进行交叉重组
  9. for
  10. i=1:chromosomeSum/2
  11. crossDot=fix(rand(1)*chromosomeLength);%随机选择染色体的交叉点位
  12. randChromosomeSequence1=round(rand(1)*chromosomeSum);
  13. %随机产生第1条染色体的序号
  14. randChromosomeSequence2=round(rand(1)*chromosomeSum);
  15. %随机产生第2条染色体的序号,这两条染色体要进行杂交
  16. if
  17. randChromosomeSequence1==0%防止产生0序号
  18. randChromosomeSequence1=1;
  19. end
  20. if
  21. randChromosomeSequence2==0%防止产生0序号
  22. randChromosomeSequence2=1;
  23. end
  24. if
  25. crossDot==0 ||
  26. crossDot==1
  27. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(randChromosomeSequence1,:);
  28. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(randChromosomeSequence2,:);
  29. else
  30. %执行两条染色体的交叉
  31. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(randChromosomeSequence1,:);
  32. %把父染色体整条传给子染色体
  33. sonChromosome(i*2-1,crossDot:chromosomeLength)=...
  34. fatherChromosome(randChromosomeSequence2,crossDot:chromosomeLength)
  35. %下一条父染色体上交叉点crossDot后的基因传给子染色体,完成前一条染色体的交叉
  36. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(randChromosomeSequence2,:);
  37. sonChromosome(i*2,crossDot:chromosomeLength)...
  38. =fatherChromosome(randChromosomeSequence1,crossDot:chromosomeLength)
  39. end
  40. end
  41. case
  42. 2 %父染色体的第i号与第chromosomeSum+1-i号交叉
  43. for
  44. i=1:chromosomeSum/2
  45. crossDot=fix(rand(1)*chromosomeLength);%随机选择染色体的交叉点位
  46. if
  47. crossDot==0 ||
  48. crossDot==1
  49. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(i,:);
  50. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(chromosomeSum+1-i,:);
  51. else
  52. %执行两条染色体的交叉
  53. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(i,:);%把父染色体整条传给子染色体
  54. sonChromosome(i*2-1,crossDot:chromosomeLength)...
  55. =fatherChromosome(chromosomeSum+1-i,crossDot:chromosomeLength);
  56. %下一条父染色体上交叉点crossDot后的基因传给子染色体,完成前一条染色体的交叉
  57. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(chromosomeSum+1-i,:);
  58. sonChromosome(i*2,crossDot:chromosomeLength)...
  59. =fatherChromosome(i,crossDot:chromosomeLength);
  60. end
  61. end
  62. case
  63. 3 %父染色体的第i号与第i+chromosomeSum/2号交叉
  64. for
  65. i=1:chromosomeSum/2
  66. crossDot=fix(rand(1)*chromosomeLength);%随机选择染色体的交叉点位
  67. if
  68. crossDot==0 ||
  69. crossDot==1
  70. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(i,:);
  71. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(i+chromosomeSum/2,:);
  72. else
  73. %执行两条染色体的交叉
  74. sonChromosome(i*2-1,:)=fatherChromosome(i,:);%把父染色体整条传给子染色体
  75. sonChromosome(i*2-1,crossDot:chromosomeLength)...
  76. =fatherChromosome(i+chromosomeSum/2,crossDot:chromosomeLength);
  77. %下一条父染色体上交叉点crossDot后的基因传给子染色体,完成前一条染色体的交叉
  78. sonChromosome(i*2,:)=fatherChromosome(i+chromosomeSum/2,:);
  79. sonChromosome(i*2,crossDot:chromosomeLength)...
  80. =fatherChromosome(i,crossDot:chromosomeLength);
  81. end
  82. end
  83. end
复制代码
 楼主| 发表于 2007-7-3 22:11 | 显示全部楼层
函数(8):变异函数
  1. %fatherChromosomeGroup=varianceCh(sonChromosomeGroup,0.8,solutionN);
  2. %基因变异.染色体群中的1/10变异。vR是变异概率。solutionN是解空间中全部可能解的个数
  3. function
  4. aberranceChromosomeGroup=varianceCh(chromosomeGroup,vR)
  5. [chromosomeSum,chromosomeLength]=size(chromosomeGroup);
  6. if
  7. chromosomeSum<10
  8. N=1;
  9. else
  10. N=round(chromosomeSum/10);
  11. end

  12. if
  13. rand(1)>vR %变异操作
  14. for
  15. i=1:N
  16. chromosomeOrder=round(rand(1)*chromosomeSum);%产生变异染色体序号
  17. if
  18. chromosomeOrder==0
  19. chromosomeOrder=1;
  20. end
  21. aberrancePosition=round(rand(1)*chromosomeLength);%产生变异位置
  22. if
  23. aberrancePosition==0
  24. aberrancePosition=1;
  25. end
  26. if
  27. chromosomeGroup(chromosomeOrder,aberrancePosition)==1
  28. chromosomeGroup(chromosomeOrder,aberrancePosition)=0;%变异
  29. else
  30. chromosomeGroup(chromosomeOrder,aberrancePosition)=1;%变异
  31. end
  32. end
  33. aberranceChromosomeGroup=chromosomeGroup;
  34. else
  35. aberranceChromosomeGroup=chromosomeGroup;
  36. end
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